將施奈德回老家之後，四隻原本親如兄弟的神龜由於沒有了敵人，於是不再想以往一樣一起戰鬥，而是各自在喜歡的領域內鑽研，以往一起行動的忍者神龜們變成了四個獨來獨往的“獨行俠”！
　　這時，紐約市中發生一連竄的怪事。原來實業家馬克西米林安•J•威特斯意圖征服紐約市，祕密培養了一支遠古怪獸組成的軍隊，加上惡名昭彰的忍者組織Foot Clan，各種黑暗勢力又在城市的角落裏蠢蠢欲動！
　　神龜們又處於備戰狀態了！他們再次聯合起來，準備向黑暗勢力出擊！