在美國人民努力適應祖國人的統治之時，戈多金大學新來的校長鼓吹一門能讓學生們變得比以往更強大的新課程。凱特和山姆被視爲英雄，而瑪麗、喬丹和艾瑪在經歷了數個月的痛苦後，回到了課堂。人類與超人類之間的戰爭正在醞釀，三位主角發現了一個始於上個世紀六十年代的祕密項目，而且該項目也許對當下仍有重大影響，不管如何，瑪麗都被牽涉在了其中。